主共和党分离而出的特挺奎德斯(Tertium quids)团体指责杰弗逊自毁原则。

　　2、任内事件

　　第一次巴巴利战争 (1801-1805)
　　路易西安纳购地 (1803)
　　Marbury v. Madison (1803)
　　成立奥勒冈属地 (1804)
　　伯尔谋叛 (1805)
　　1804年土地法
　　批准美国宪法第廿修正案 (1804)
　　路易斯与克拉克探勘 (1804-1806)
　　1805年成立路易西安纳属地（后更名为密苏里属地）
　　特挺奎德斯自民主共和党中分离而出。
　　Embargo Act of 1807年禁运法案，企图与拿破仑战争中的交战国中止贸易关系以令美国的中立国地位获得尊重。
　　1808年废除国内奴隶贸易。

　　3、政府与内阁

　　美国总统：托马斯·杰弗逊〔1801–1809〕
　　美国副总统：艾伦·伯尔〔1801–1805〕、乔治·克林顿〔1805–1809〕
　　美国国务卿：詹姆斯·麦迪逊〔1801–1809〕
　　美国财政部长：山缪·德斯特〔1801〕、阿尔伯特·高勒挺〔1801–1809〕
　　美国战争部长 亨利·迪尔绷〔1801–1809〕
　　美国检查总长 李维·林肯〔1801–1804〕、罗伯特·史密斯〔1805〕、约翰·布瑞肯里吉〔1805–1806〕、凯撒·奥古斯都·罗德内〔1807–1809〕
　　美国邮政总长 约瑟夫·哈伯夏姆〔1801〕、吉登·古兰格〔1801–1809〕
　　美国海军部长 班哲明·史都德特〔1801〕、罗伯特·史密斯〔1801–1810〕

　　4、最高法院大法官任命案

　　杰弗逊于总统任期内任命下列美国最高法院大法官。
　　威廉·强森(William Johnson) – 1804年
　　亨利·李文斯顿(Henry Brockholst Livingston) – 1807年
　　托马斯·陶德(Thomas Todd) – 1807年

　　5、于任期中加入联邦的州

　　俄亥俄 – 1803年

四、创建大学

　　杰弗逊卸任总统职务后仍持续活跃于公共事务中。他投入大部分的心力以成立一所新的高等院校，专于解除教会对校务的影响，使学生可专心致力于他所大学所无法提供的新天地中。在一封1800年由他寄给约瑟夫·普利斯特利的信函中，表明他在真正建立一所大学前已为此思考了数十年之久。

　　他的梦想于1819年因维吉尼亚大学的成立而实现，州议会批准每年拨款1,500美元以供兴学之用。该校于1825年开始招生时，是第一所提供学生全部选修课程的大学（尽管首届仅有30名学生入学）；而校区则是当时北美洲最大的建筑案之一。值得注意的是，该校校园以图书馆为中心，而非教堂。其实，原案中根本就没有包含校园礼拜堂在内。杰弗逊生前常邀访学校师生职员至家中，艾德加·爱伦·坡(Edgar Allan Poe)为当时的访客之一。

　　维吉尼亚大学经设计为州内最高学府。杰弗逊的看法认为，州内居民皆可经由单一共同的评断标准入学。

五、逝世

　　杰弗逊逝于1826年7月4日，当日为独立宣言通过五十周年纪念日，与约翰·亚当斯同日弃世。杰弗逊生前因创校而债务沉重，美国各地曾捐输约1,6000美元以帮助这位前总统，但不足以助其清偿债物与医疗费用。杰弗逊552英亩（223公亩）的产业于1831年在蒙地沙罗的一次拍卖会上，以美金,000元售予詹姆斯·巴克礼(James T. Barclay)。1836年，巴克礼将地上物连同218英亩（88公亩）的土地以,700转售给美国海军的尤瑞亚·李威中尉。李威中尉后来买下周围的土地及屋内家具陈设，他因而获称‘蒙地沙罗的救星’。李威中尉于1862年因美国内战而去世，遗嘱中将蒙地沙罗捐赠给美国政府作为海军遗孤的学校。托马斯· 杰弗逊身后葬于其蒙地沙罗的产业上，其墓志铭由他在生前自行写就。他坚决要求，墓碑除铭刻自己所撰写的句子外，“一个字也不要多”。墓志铭如下：

维吉尼亚大学 之父　
以及 维吉尼亚 宗教自由法 美国独立 宣言 作者
托马斯·杰弗逊
长眠于此
HERE WAS BURIED THOMAS JEFFERSON AUTHOR OF THE DECLARATION
OF AMERICAN INDEPENDENCE
OF THE STATUTE OF VIRGINIA
FOR RELIGIOUS FREEDOM
AND FATHER OF THE
UNIVERSITY OF VIRGINIA

六、外貌与人品

　　杰弗逊身高六呎二吋半（189厘米），体型修长健壮；脸部轮廓棱角分明，气色十分红润，发色金赤，间杂淡褐；灰色眼珠；晚年衣着随便，不修边幅。杰弗逊是个糟糕的公众演说者，他大部分的重要演说都是咕哝着带过；尽管如此，他认真演说时举止优雅。杰弗逊与他人很快便能相互热络（但对陌生人并不十分友善）；而他富朝气、跳跃式、知识性的言谈充满魅力。在安静的外表下，他热情执着而多愁善感，好似在大小事上都有规律性的习惯动作。1801年，他遭英国首相蓄意侮辱，而在华盛顿建立谋划中心作为回应。

　　虽然传记中称他缺乏幽默感，他最喜欢的读物似乎是《唐吉诃德》与《莫里哀》。而虽然他的著作中充塞著功利思想，他年轻时则充满浪漫主义，曾为了翻译莪相(Ossian)之诗准备学习盖尔语，并为取得原稿而拜访詹姆斯·麦克佛森(James Macpherson)。

　　他于任内中止总统亲自演说国情咨文的作法，而是将讲稿送达国会（至伍德罗·威尔逊任内方恢复由总统亲自演说）。他在总统任内仅进行了两次公开演说。妻子亡故后，他焚毁两人之间往来的书信，显现出一个人有时可以孤僻到什么程度。

　　近代由诺姆·列俊(Norm Ledgin)所著之《诊断杰弗逊》(Diagnosing Jefferson)一书曾暗示，杰弗逊带有亚斯伯格综合症(Asperger syndrome)。有些史家抨击这项发现，他们认为身患此疾“会减损杰弗逊的伟大崇高”。然而，心理学家们认为，书中所描写的人格特质与阿斯伯特综合症的患者高度相符。(Ledgin 2000)

　　杰弗逊是深具造诣的建筑师，他将英国在辉格党权贵中广受欢迎的帕拉第奥建筑风格(Palladian architecture)带入美国，因而对后世的美式建筑风格影响深远，此种风格与共和党对于市民美德与政治自由的启蒙思想有关。杰弗逊所设计的蒙地沙罗自宅声名远播，宅内有自动门、首次面世的旋转椅、及许多杰弗逊自己发明的便利装置。左近的维吉尼亚大学是美国唯一一所由总统所创建的高等学府，其教案与建案全由杰弗逊一手包办。时至今日，蒙地沙罗与维吉尼亚大学已共同成为美国境内仅有的四处文化世界遗产之一。杰弗逊对维吉尼亚州议会山庄的建筑设计亦有贡献，该建筑以法国南部尼姆(Nîmes)的古罗马式庙宇─方堂(Maison Carrée)为原型。杰弗逊的建案开启了美国后续的联邦式建筑风潮。

　　杰弗逊的的爱好之一是考古学，可追溯至幼年时所接受的训练。杰弗逊有时被尊为考古学之父，以表彰他在发展文物发掘技术上的角色。当他于1784年在自家产业内发掘出一处印地安人坟冢时，并未依循当时的一般性作法─即不断下挖，直至文物出土为止──而是在坟冢上开出仅可容身的缺口，以便入内研究。

　　杰弗逊在颇为喜爱自家的鱼塘。鱼塘呈钵型，深约三英尺（一米），用以留置他所捕获的水族。该鱼塘今已重建，位于蒙地沙罗西边。

　　杰弗逊好品酒，曾于驻法国时（1784年─1789年）广游欧洲各大产酒区，并运送佳酿回乡。并曾作出广为人知的大胆宣言：“我们可以在美国酿出与欧洲多样风味相捋的佳酿，不会是一模一样，但无疑是相同的甘美。”蒙地沙罗曾经广植葡萄，其中有很大一部分是欧洲品种的酿酒葡萄。全部葡萄后来皆未能幸免于美洲原生种的葡萄疾病。

　　他于1812年写就的国会议事初步(A Manual of Parliamentary Practice)至今仍持续使用中。

　　华盛顿特区连同国会图书馆于1814年遭英军焚毁后，杰弗逊将个人藏书提供给国家。国会慨然接受，拨款,950元以收购其价值五万元的6,487部藏书，为国家的大图书馆奠基，亦部分抒解杰弗逊之财务困境。时至今日，国会图书馆网站上的联邦立法资讯名为托马斯，以表彰其贡献。

　　他另身兼美国哲学协会(American Philosophical Society)会长，任职多年。

　　杰弗逊对美国的愿景为以农立国，耕者有其田，恰与约翰·亚当斯及亚历山大·汉弥尔顿为代表的联邦党看法相对立。汉弥尔顿展望美国成为商业与制造业国家，被视为美国卓异主义之父的杰弗逊则衷心相信美国的独特性与无穷潜力。也就是说，杰弗逊自信满满地认为，美国这样地广人稀的国家足以避免他所忧惧的，欧洲式阶级对立与工业化。

　　杰弗逊受多名欧洲启蒙思想家的见解影响极深，其政治原则来自约翰·洛克(John Locke)（尤其是不可转让之权利(inalienable rights)与人民主权(popular sovereignty)）与托马斯·潘恩(Thomas Paine)的常识。政治学家将杰弗逊的思想拟之于与其同时的[卢梭]](Jean-Jacques Rousseau) [5]杰弗逊相信，人皆拥有“某种不可转让之权利”。也就是说，无论政府是否存在，人所拥有，不可创造、夺取、或转让的基本权利永存。杰弗逊对于自由的解释最受重视，他将之定义为“正当的自由为，在其他人据相同权利划定之范围内，依我等之意愿畅行无碍。我并未加述‘合法范围内’，因律法通常不过是专制独裁者之意图，而律法的确就是这样侵犯个人权利。”("rightful liberty is unobstructed action according to our will within limits drawn around us by the equal rights of others. I do not add ‘within the limits of the law’, because law is often but the tyrant’s will, and always so when it violates the rights of the individual.")因而，对杰弗逊来说，政府不仅不能“创造”自由权利，反而有可能侵犯个人自由。而适切自由的范围并非由法律所规定，而是止于他人有相同权利之处。杰弗逊认为，适切的政府不仅要防止个人侵害群体中其他人之自由，也要自我限制以防削弱个人自由。

　　杰弗逊经由成功废止维吉尼亚的长子继承权实现他对平等的承诺。此法规定唯长男可继承所有家族土地。他在一封1785年写给麦迪逊的书信中解释其观点：

　　“我的确了解，均分地产不切实际，但土地分配的极度不平等造成了许多人的不幸。对于产业的再分割，立法机构就算立再多的法条也不够，只是让分割过的土地以人类的自然天性代代相传。将土地由所有子孙、所有兄弟姐妹、乃至其他具有亲戚关系者，均分继承，为精巧而可行的法案。减轻地产分配的不公平性的另一重意义为避免赋税征及过低之点，并可以几何级数增收大面积土地的赋税。目前的土地法，对乡村野地或无业穷人的天赋权利皆大有侵害。地球经赐予作为人们工作与生活的共有蓄积。我们若以工业化为适切，并加以奖励，便必须照顾被排除在职场之外者；若否，则应归还其于地球上工作的基本权利。我们的社会，要让所有无业者找到无主荒地以耕种并付适切地租还为时过早，但尽可能让所有人不致连一小块地都没有则非是。小地主是国家最珍贵的部分。”

　　杰弗逊相信，人生而有分辨是非善恶的道德观，以与他人相处─即无论是否自我约束，人生而了解他人之天赋权利。他甚至相信，天赋的道德感足以信赖，而小规模的无政府社会因此可以运行良好。他曾在若干场合中阐述印地安人的无政府社会之管理：

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