杰弗逊极为拥护州权,其于1798年之维吉尼亚和肯塔基决议(Virginia and Kentucky Resolutions)中,订下敌视联邦扩权之基调,尤其值得注意。然而,他的若干外交政策实际上反而扩充了联邦权力。其中最重要的是,他在1803年的路易西安那购地案中,以不成文的联邦权力兼并一大块外国土地,连同居住其间的法籍与意大利居民。他行使禁运法案,却因与外交政策抵触而失效,显示联邦政府在有战争之虞时,可以强大武力作为后盾,介入地方层级事务以控制贸易往来。
▲对司法的观点
杰弗逊虽为受过训练的律师,但从未在法庭中感到自在。他认为法官应为技术性专家,不能设定政策。他谴责最高法院于1801年在马布瑞对麦迪逊 (Marbury v. Madison)一案中的判决为违反民主,但无法在国会中取得足额支持以提出宪法修正案来驳回该判决。他持续司法违宪审查(judicial review)的说法:
“以法官为一切宪政疑义之最高仲裁者之说法十分危险,任何释宪的法官皆可置我等于寡头独裁之下。我们的法官既与常人一般正直,亦无逾常人。法官们对党派、权力、与自身特权之偏好,亦无异于人,其格言为boni judicis est ampliare jurisdictionem─—‘广为管辖即正义’。他们的权力最是危险,因其为终身职,且不如其他部门一般对选民负责。依宪法设立的法庭,非以交付予任何弊端随时发生、成员专制的党派;而是更明智地令其所有部门平等共治。”
杰弗逊持续使用自然宗教式之字汇描述造物主,而美国独立宣言中使用的也是诸如“造物者”("Creator")、“自然界之造物主” ("Nature's God ")等词句。杰弗逊进一步相信,此造物主以“生活、自由、与追寻幸福”等数种不可转让之权利塑造人性。就其于革命前居法的经验,他深切疑虑,(天主教)牧师们与主教们为无知的反动势力。
杰弗逊于革命期间领导维吉尼亚实行政教分离。英国国教派当时受维吉尼亚州府资助,而杰弗逊在“维吉尼亚照会”(Notes on Virginia)中,取消以下法条:“若有人提及基督徒否认上帝或三位一体之存在……应受惩处。首先,取消任公职之资格……其次,限制收受礼物或遗赠……并入狱三年。”前此担任公职者,据信连同杰弗逊本人在内,必须宣誓不相信罗马天主教的圣餐变体学说。1779年,杰弗逊完成“建立宗教自由之议”初稿,并视此案之通过为高度成就。对他而言,政教分离不仅是抽象的观念,而是对基督教各派互以他派为异端的宗教性“专制”之必要性改革。
自1784年至1786年,杰弗逊与詹姆斯·麦迪逊联手反对派崔克·亨利(Patrick Henry)让维吉尼亚州府再次资助宗教的企图。1786年,维吉尼亚大会(Virginia General Assembly)通过杰弗逊的宗教自由法案,该案于1779年送审,为杰弗逊自撰于墓志铭上之三大生涯成就之一。法案中规定:
纪录显示,杰弗逊一生中曾拥有逾650名奴隶,其中有是自双亲及妻方继承而来,也有许多是因债权而扣留之资产。他既公开坦承相信奴隶制度不人道且终将绝迹,又蓄奴之行为,遭目为伪善。1801年,在总统大选过后,波士顿的报纸《新英格兰守护者》(The New England Palladium)报导,杰弗逊“骑在奴隶背上进入自由之殿堂”。